Vi partecipano 12 squadre che formano un tabellone con eliminazione diretta in 3 turni (ottavi, quarti e Final Four).
Gli ottavi e i quarti si disputano con partite di andata e ritorno senza spareggio; in caso di parità anche del quoziente punti si disputerà il set supplementare di spareggio; la gara di andata si disputa in casa della squadra con peggior classifica o di serie inferiore del campionato 1998/99.
Agli Ottavi di finale (ridotti a 4 gare) vi partecipano le squadre classificate dal 5° al 10° posto della RS A1 98/99, la neopromossa dalla serie A2 e la squadra vincente il play off A1/A2 98/99.
Le 4 promosse ai quarti incrociano le squadre classificate dal 1° al 4° posto della regular season di A1 98/99.
La Coppa si assegna in Final Four. Gli accoppiamenti della Final Four verranno determinati mediante sorteggio nel quale verranno considerate teste di serie le due squadre meglio classificate al termine del girone di andata della regular season 1999/2000.